年，明崇俨为盗所杀，武则天怀疑是李贤所为，于是派人到东宫搜查，找到数百具铠甲。
唐高宗一向喜爱李贤，想要宽恕他，但武后却说：“为人子心怀谋逆，应该大义灭亲，不能赦免罪行。”于是李贤未能洗清罪责，以谋逆罪被幽禁在长安，后被贬谪到巴中。
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李贤被贬后，经褒斜道、米仓道来到巴州，州城官民热情接待。为感巴州官民盛情，太子不顾体弱多病，四处奔走，查访民情；在城南金榜寺前设坛，劝农精耕细作，莫误农时；把书籍文具运到曾口县（今曾口镇）一个山上（现书台山），发愤攻书，又在天平山（现章怀山）筑茅庵草舍栖身，餐野果山泉以度日，日夜苦读群书，以备日后为社稷效力。
一首诗引来杀身之祸
太子被贬巴中后，经常登上王望山，北望长安，但见云雾缭绕、山体绵延。而长安那边，并不太平，随着高宗身体日渐衰弱，武后早已大权在握。年冬，高宗驾崩，噩耗传到巴中，李贤悲痛欲绝，抱病出门，登上王望山，跪望长安。
随着武后权势的日渐壮大，武氏一族势力日盛，而李氏势力日衰，所有李氏王孙，人人自危。
李贤眼看着自己的母亲为了权利而不顾及母子情，于是作诗一首《黄台瓜辞》，意在规劝母亲，重视亲情。
《黄台瓜辞》
种瓜黄台下，瓜熟子离离。
一摘使瓜少，再摘使瓜稀。
三摘犹自可，摘绝抱蔓归。
一千多年前，在巴州那个不眠的深夜，写这首诗的那一刻，太子李贤感受更多的是深深的绝望。李氏子弟被大肆屠杀，母后的野心已经昭然若揭，眼见大唐江山行将崩溃，李贤悲痛万分，冒着被杀头的风险，奋笔写下了《黄台瓜词》，诗句字字啼血。
不料，这首《黄台瓜词》传入京城后，武则天十分震怒，认为李贤意在揭露她篡夺皇权的阴谋，杀心顿起，于是速命丘神勣赶到巴州，强逼李贤服毒自尽。李贤死时年方29岁，遗体葬在城南南龛坡下。
在李贤死后11年，李贤的弟弟唐中宗复位，追赠李贤司徒官爵，并遣使者到巴州迎回李贤灵柩，以亲王身份陪葬乾陵。景云二年（年），唐睿宗追加李贤皇太子身份，谥号“章怀”，与太子妃房氏合葬于章怀太子墓。
